V rámci daňového skladu lze provádět různé operace s vybranými výrobky, včetně jejich výroby, zpracování, skladování a přepravy mezi jednotlivými daňovými sklady. Veškerý pohyb zboží v režimu podmíněného osvobození od daně musí být zajištěn odpovídající zárukou, která kryje případný vznik daňové povinnosti. Provozovatel daňového skladu je povinen vést přesnou evidenci všech pohybů zboží a pravidelně předkládat daňová přiznání příslušnému celnímu úřadu.
Daňový sklad musí být technicky uzpůsoben tak, aby bylo možné spolehlivě zajistit měření množství vyráběných nebo skladovaných výrobků. Prostory daňového skladu musí být zabezpečeny proti neoprávněnému vniknutí a manipulaci s výrobky. Provozovatel je povinen umožnit celnímu úřadu přístup do všech prostor daňového skladu a poskytnout mu potřebnou součinnost při kontrolách.
Významnou funkcí daňového skladu je také možnost dočasného uskladnění zboží bez nutnosti okamžité úhrady spotřební daně, což poskytuje podnikatelům větší flexibilitu při plánování obchodních operací. Toto je zvláště důležité při mezinárodním obchodu, kdy zboží putuje přes několik členských států Evropské unie. Systém daňových skladů je harmonizován v rámci EU, což umožňuje plynulý přeshraniční pohyb vybraných výrobků.
Provoz daňového skladu je v České republice regulován několika klíčovými právními předpisy, které stanovují přesné podmínky a povinnosti pro provozovatele těchto zařízení. Základním právním předpisem je zákon č. 353/2003 Sb., o spotřebních daních, který definuje základní rámec fungování daňových skladů a stanovuje pravidla pro nakládání s výrobky podléhajícími spotřební dani. Tento zákon je průběžně novelizován, aby odpovídal aktuálním potřebám a požadavkům Evropské unie.
| Parametr |
Daňový sklad |
Běžný sklad |
| Platba spotřební daně |
Odložená |
Okamžitá |
| Nutnost povolení celní správy |
Ano |
Ne |
| Zajištění daně |
Povinné |
Není vyžadováno |
| Vedení evidence |
Přísná elektronická |
Standardní |
| Kontroly celní správy |
Pravidelné |
Namátkové |
Další významnou legislativou je celní zákon č. 242/2016 Sb., který upravuje postupy celních orgánů při kontrole a dozoru nad provozem daňových skladů. Provozovatelé daňových skladů musí také dodržovat ustanovení vyhlášky č. 245/2016 Sb., o způsobu provádění osobní prohlídky celníkem, která stanovuje specifické postupy při kontrolách v daňových skladech.
Významnou roli hraje také zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, který upravuje procesní stránku správy daní včetně postupů při správě spotřebních daní v daňových skladech. Provozovatelé musí důsledně dodržovat evidenční povinnosti stanovené těmito předpisy a vést přesnou dokumentaci o pohybu zboží v daňovém skladu.
Pro provozovatele daňových skladů jsou závazné také předpisy týkající se bezpečnosti práce a požární ochrany, zejména zákon č. 262/2006 Sb., zákoník práce, a zákon č. 133/1985 Sb., o požární ochraně. Tyto předpisy stanovují specifické požadavky na zabezpečení skladovacích prostor a ochranu zdraví zaměstnanců pracujících v daňových skladech.
Provozovatelé daňových skladů musí také splňovat podmínky stanovené zákonem č. 563/1991 Sb., o účetnictví, který upravuje způsob vedení účetnictví a evidenci skladových zásob. Důležitou součástí právního rámce jsou také předpisy upravující nakládání s nebezpečnými látkami a chemickými přípravky, pokud jsou v daňovém skladu skladovány.
Evropská legislativa, především směrnice Rady 2008/118/ES o obecné úpravě spotřebních daní, významně ovlivňuje český právní rámec pro provoz daňových skladů. Tato směrnice stanovuje jednotná pravidla pro pohyb zboží podléhajícího spotřební dani v režimu podmíněného osvobození od daně mezi členskými státy EU.
Provozovatelé daňových skladů musí také dodržovat předpisy týkající se elektronické evidence zboží a komunikace s celními orgány. Systém EMCS (Excise Movement and Control System) je povinným nástrojem pro sledování pohybu zboží podléhajícího spotřební dani v režimu podmíněného osvobození od daně.
Pro získání povolení k provozování daňového skladu musí žadatel splnit přísné podmínky stanovené zákonem, včetně složení kauce a prokázání bezúhonnosti. Celní správa pravidelně kontroluje dodržování všech zákonných povinností a může při zjištění porušení předpisů udělit sankce nebo odejmout povolení k provozování daňového skladu.
Druhy zboží podléhající režimu daňového skladu
V rámci režimu daňového skladu lze uskladňovat pouze specifické druhy zboží, které jsou přesně vymezeny zákonem. Mezi základní kategorie zboží podléhající tomuto režimu patří především minerální oleje, líh, lihoviny a další alkoholické nápoje včetně piva a vína. Tyto komodity musí splňovat přísné podmínky pro skladování a manipulaci, přičemž každá skupina má své specifické požadavky.
Minerální oleje zahrnují širokou škálu produktů, od motorových paliv přes topné oleje až po další ropné deriváty. Podmínkou pro jejich uskladnění v daňovém skladu je splnění technických požadavků na skladovací prostory, zejména s ohledem na bezpečnost a ochranu životního prostředí. Skladovací nádrže musí být pravidelně kontrolovány a certifikovány.
V případě lihu a lihovin je situace ještě přísnější. Daňový sklad musí disponovat speciálním zabezpečením proti neoprávněné manipulaci a měřicími zařízeními pro přesnou evidenci množství skladovaného zboží. Každá šarže lihu musí být řádně označena a evidována, včetně údajů o původu, koncentraci a množství. Pro víno a meziprodukty platí obdobná pravidla, avšak s určitými specifiky zohledňujícími charakter těchto nápojů.
Pivo jako další významná kategorie vyžaduje specifické podmínky skladování, především s ohledem na teplotu a vlhkost. V daňovém skladu musí být zajištěno oddělené skladování různých druhů piva a vedena přesná evidence o stupňovitosti a objemu jednotlivých várek. Provozovatel daňového skladu je povinen pravidelně kontrolovat kvalitu skladovaného piva a dodržovat hygienické předpisy.
Kromě samotného skladování je důležitá také evidence pohybu zboží. Každý příjem a výdej musí být řádně dokumentován, včetně údajů o odesílateli, příjemci a přepravci. Provozovatel daňového skladu je povinen vést elektronickou evidenci všech operací a pravidelně ji předkládat celním orgánům. Tato evidence musí obsahovat detailní informace o množství, druhu a pohybu zboží, včetně případných ztrát během skladování.
Zvláštní pozornost je věnována také zabezpečení skladu. Prostory musí být vybaveny kamerovým systémem, elektronickou požární signalizací a dalšími bezpečnostními prvky. Přístup do skladu musí být striktně regulován a evidován, přičemž manipulovat se zbožím mohou pouze oprávněné osoby. Veškeré vstupy a výstupy musí být monitorovány a zaznamenávány.
Pro dočasné uskladnění zboží bez placení daně platí obdobná pravidla, avšak s časovým omezením. Toto zboží může být uskladněno pouze po dobu nezbytně nutnou pro jeho zpracování nebo další distribuci. Provozovatel musí zajistit, že během skladování nedojde k neoprávněné manipulaci se zbožím ani k jeho záměně. Veškeré pohyby zboží musí být předem schváleny celními orgány a řádně zdokumentovány.
Podmínky pro získání povolení daňového skladu
Pro získání povolení k provozování daňového skladu je nutné splnit řadu zákonných požadavků stanovených českou legislativou. Základním předpokladem je, že žadatel nesmí být v úpadku nebo v likvidaci a musí prokázat svou ekonomickou stabilitu. Provozovatel musí disponovat odpovídajícím prostorem nebo objektem, který bude sloužit jako daňový sklad, přičemž tento prostor musí být zabezpečen proti neoprávněnému vstupu a manipulaci se skladovaným zbožím.
Žadatel je povinen předložit celnímu úřadu podrobný popis a dokumentaci skladovacích prostor, včetně jejich půdorysů a technické dokumentace. Součástí dokumentace musí být také popis zabezpečovacích systémů a způsobu evidence skladovaného zboží. Prostory musí být vybaveny certifikovanými měřicími zařízeními pro zjišťování množství skladovaných vybraných výrobků a jejich obsahu alkoholu, případně jiných relevantních parametrů.
Důležitým aspektem je také prokázání bezdlužnosti vůči státním institucím, zejména vůči finančnímu úřadu a správě sociálního zabezpečení. Žadatel musí mít čistý trestní rejstřík a nesmí mít v posledních třech letech závažným způsobem porušeny daňové, celní nebo účetní předpisy. Provozovatel je také povinen složit zajištění daně, jehož výše se stanoví podle předpokládaného množství skladovaných výrobků a souvisejících daňových povinností.
Provozovatel daňového skladu musí vést přesnou evidenci všech skladovaných výrobků, včetně jejich příjmu a výdeje. Tato evidence musí být vedena elektronicky a musí umožňovat okamžitý přehled o stavu zásob a pohybu zboží. Systém evidence musí být schválen celním úřadem a musí splňovat všechny zákonné požadavky na sledovatelnost výrobků.
Žadatel musí také prokázat odbornou způsobilost pro nakládání s vybraným zbožím a musí mít vypracované vnitřní předpisy pro provoz skladu, včetně bezpečnostních a požárních směrnic. Součástí dokumentace musí být i plán řešení mimořádných situací a postupy pro případy zjištění nesrovnalostí v evidenci nebo při manipulaci se zbožím.
Pro získání povolení je nezbytné také doložit vlastnické nebo užívací právo k prostorám daňového skladu. Prostory musí splňovat všechny stavební, hygienické a bezpečnostní předpisy a musí být schváleny příslušnými úřady. V případě skladování specifických druhů zboží mohou být vyžadována další speciální povolení nebo certifikace.
Celní úřad při posuzování žádosti hodnotí také ekonomickou opodstatněnost provozu daňového skladu a posuzuje, zda žadatel disponuje dostatečnými finančními prostředky pro jeho provoz. Součástí posouzení je i analýza rizik spojených s provozem skladu a schopnost žadatele tato rizika efektivně řídit. Povolení k provozování daňového skladu je vydáváno na dobu neurčitou, ale může být celním úřadem zrušeno, pokud provozovatel přestane splňovat zákonné podmínky nebo závažným způsobem poruší své povinnosti.
Povinnosti provozovatele daňového skladu
Provozovatel daňového skladu má řadu zákonných povinností, které musí důsledně dodržovat v souladu s platnou legislativou. Základním požadavkem je vedení přesné evidence o všech vyrobených, zpracovaných, přijatých, skladovaných a vydaných výrobcích. Tato evidence musí být vedena způsobem, který umožňuje správci daně kdykoliv ověřit stav zásob a pohyb výrobků v daňovém skladu.
Provozovatel je povinen zajistit, aby veškeré prostory daňového skladu byly zabezpečeny proti neoprávněnému vstupu a manipulaci s výrobky. Musí také pravidelně kontrolovat a dokumentovat fyzický stav zásob a porovnávat jej s evidenčním stavem. Případné rozdíly je nutné neprodleně oznámit správci daně a vysvětlit jejich původ.
V rámci své činnosti musí provozovatel daňového skladu pravidelně předkládat daňová přiznání a hlášení správci daně, a to i v případě, že za dané období nevznikla daňová povinnost. Důležitou povinností je také správné značení všech výrobků podléhajících spotřební dani kontrolními páskami, pokud to zákon vyžaduje.
Provozovatel musí umožnit správci daně nepřetržitý přístup do prostor daňového skladu a poskytnout mu veškerou součinnost při kontrolní činnosti. To zahrnuje předložení požadovaných dokladů, umožnění kontroly zařízení, technologických postupů a poskytnutí vysvětlení k jednotlivým operacím.
Další klíčovou povinností je zajištění spotřební daně, které musí být poskytováno ve výši odpovídající předpokládané daňové povinnosti. Toto zajištění může mít formu bankovní záruky, složení částky na účet správce daně nebo ručení třetí osoby. Výše zajištění musí být průběžně aktualizována podle skutečného objemu skladovaných výrobků.
Provozovatel daňového skladu je také povinen oznámit správci daně jakékoliv změny údajů uvedených v povolení k provozování daňového skladu, a to nejpozději do 15 dnů od jejich vzniku. Mezi tyto změny patří například změna sídla společnosti, změna odpovědných osob nebo změny v technologickém vybavení skladu.
V případě ukončení činnosti daňového skladu musí provozovatel zajistit řádné vypořádání všech skladovaných výrobků a daňových povinností. To zahrnuje provedení inventury za přítomnosti správce daně, úhradu případných daňových nedoplatků a zajištění přepravy výrobků do jiného daňového skladu nebo jejich propuštění do volného daňového oběhu.
Provozovatel je rovněž odpovědný za dodržování všech bezpečnostních a protipožárních předpisů a musí mít vypracované havarijní plány pro případ mimořádných událostí. Musí také zajistit pravidelné školení zaměstnanců v oblasti bezpečnosti práce a manipulace s výrobky podléhajícími spotřební dani.
Evidence a kontrola zboží v skladu
Provozovatel daňového skladu nebo skladu pro dočasné uskladnění zboží má zákonnou povinnost vést přesnou a detailní evidenci veškerého zboží, které se v prostorách skladu nachází. Tato evidence musí obsahovat kompletní údaje o pohybu zboží, včetně přesného času příjmu a výdeje, množství, druhu zboží a identifikačních údajů dodavatelů i odběratelů. Evidenční systém musí být veden elektronickou formou a musí umožňovat okamžitý přehled o aktuálním stavu skladovaného zboží.
Pro zajištění správné evidence je nezbytné používat specializovaný software, který umožňuje sledování zboží v reálném čase a automatické generování potřebných dokumentů. Každá položka musí být označena jedinečným identifikačním kódem, který umožňuje její jednoznačnou identifikaci a sledování během celého procesu skladování. Systém musí také umožňovat archivaci všech dokladů souvisejících s pohybem zboží minimálně po dobu deseti let.
Kontrola skladovaného zboží probíhá na několika úrovních. Pravidelné inventury jsou povinné minimálně jednou ročně, přičemž celní správa může nařídit mimořádnou inventuru kdykoliv během roku. Během inventury se fyzicky kontroluje množství a stav skladovaného zboží a porovnává se s evidenčními záznamy. Případné rozdíly musí být řádně zdokumentovány a vysvětleny.
Provozovatel skladu je povinen umožnit celním orgánům nepřetržitý přístup do prostor skladu a poskytnout jim veškerou potřebnou součinnost při kontrolách. Součástí kontrolního systému je také monitoring pomocí kamerového systému, který musí pokrývat všechny vstupy a výstupy ze skladu, stejně jako prostory, kde se manipuluje se zbožím. Záznamy z kamerového systému musí být uchovávány po dobu minimálně 30 dnů.
V případě zjištění nesrovnalostí v evidenci nebo při kontrolách je provozovatel skladu povinen neprodleně informovat příslušný celní úřad a přijmout opatření k nápravě. Nedodržení evidenčních povinností nebo bránění kontrolám může vést k vysokým pokutám, případně až k odebrání povolení k provozování skladu. Proto je důležité věnovat evidenci a kontrolním mechanismům maximální pozornost a zajistit pravidelné školení zaměstnanců v této oblasti.
Systém evidence musí také zahrnovat podrobné informace o způsobu zajištění zboží, včetně výše spotřební daně a DPH, které by byly splatné, pokud by zboží bylo propuštěno do volného oběhu. Zvláštní pozornost je třeba věnovat evidenci zboží podléhajícího spotřební dani, kde musí být vedena samostatná evidence pro každý druh výrobku. Tato evidence musí obsahovat údaje o obsahu alkoholu, množství tabáku nebo jiných parametrech relevantních pro výpočet daně.
Zajištění daně a celní dohled
Zajištění daně představuje klíčový aspekt při provozování daňového skladu a skladu pro dočasné uskladnění zboží. Provozovatel daňového skladu je povinen poskytnout zajištění daně, které slouží k úhradě případných daňových pohledávek vzniklých při nakládání s výrobky podléhajícími spotřební dani. Toto zajištění může být realizováno několika způsoby, přičemž nejčastější formou je bankovní záruka nebo složení finanční částky na účet celního úřadu.
Výše zajištění daně se stanovuje individuálně pro každý daňový sklad, přičemž se zohledňuje především objem skladovaných výrobků, jejich druh a výše příslušné spotřební daně. Celní úřad může v odůvodněných případech požadovat navýšení zajištění daně, zejména pokud existuje zvýšené riziko daňových úniků nebo při významném navýšení skladovacích kapacit.
V případě skladu pro dočasné uskladnění zboží bez placení daně je situace obdobná, avšak s určitými specifiky. Zboží zde může být uskladněno po omezenou dobu, zpravidla maximálně 90 dnů, během kterých musí být buď propuštěno do příslušného celního režimu, nebo musí opustit celní území Evropské unie. Po celou dobu uskladnění podléhá zboží celnímu dohledu, který zajišťuje dodržování všech stanovených podmínek a předpisů.
Celní dohled zahrnuje komplexní systém kontrolních mechanismů, včetně pravidelných i namátkových kontrol skladovacích prostor, vedení evidence skladovaného zboží a kontroly pohybu zboží. Provozovatel skladu je povinen umožnit celním orgánům přístup ke zboží a k veškeré dokumentaci související s jeho skladováním a pohybem. Současně musí zajistit odpovídající zabezpečení skladu proti neoprávněnému vniknutí a manipulaci se skladovaným zbožím.
Důležitou součástí celního dohledu je také elektronický systém evidence, který umožňuje sledování pohybu zboží v reálném čase. Provozovatel skladu musí vést přesnou evidenci o všech příjmech a výdejích zboží, včetně údajů o jeho množství, druhu a původu. Tato evidence musí být pravidelně aktualizována a na vyžádání předložena celním orgánům.
V případě porušení stanovených podmínek nebo zjištění nesrovnalostí může celní úřad přistoupit k sankčním opatřením, která mohou zahrnovat pokuty, odebrání povolení k provozování skladu nebo v krajním případě i trestněprávní postih. Proto je nezbytné, aby provozovatelé skladů důsledně dodržovali všechny zákonné povinnosti a aktivně spolupracovali s celními orgány při výkonu celního dohledu.
Systém zajištění daně a celního dohledu tak vytváří účinný nástroj pro prevenci daňových úniků a zajištění řádného výběru spotřebních daní, přičemž současně umožňuje legální a kontrolované skladování zboží bez okamžité povinnosti uhradit příslušnou daň.
Přeprava zboží mezi daňovými sklady
Přeprava vybraných výrobků mezi daňovými sklady představuje specifický proces, který podléhá přísným regulacím a kontrolám. V rámci této přepravy je nezbytné dodržovat stanovené postupy, přičemž zboží se pohybuje v režimu podmíněného osvobození od daně. Provozovatelé daňových skladů musí zajistit, že během celého procesu přepravy nedojde k úniku zboží mimo schválený daňový režim.
Pro zahájení přepravy mezi daňovými sklady je nutné vystavit elektronický průvodní doklad, který obsahuje veškeré podstatné informace o přepravovaném zboží, odesílateli a příjemci. Tento dokument se generuje prostřednictvím systému EMCS (Excise Movement and Control System), který umožňuje sledování pohybu zboží v reálném čase. Přeprava může být zahájena pouze po schválení elektronického průvodního dokladu příslušným celním úřadem.
V průběhu přepravy musí být zajištěno, že nedojde k neoprávněné manipulaci se zbožím. To zahrnuje použití celních závěr, plomb nebo jiných bezpečnostních prvků. Dopravce musí být schopen kdykoliv prokázat oprávněnost přepravy a předložit příslušnou dokumentaci. Případné změny v průběhu přepravy, jako například změna trasy nebo doba přepravy, musí být neprodleně oznámeny celnímu úřadu.
Při příjmu zboží v cílovém daňovém skladu je příjemce povinen zkontrolovat úplnost a neporušenost zásilky. Následně musí potvrdit příjem zboží v systému EMCS, čímž se přeprava oficiálně ukončí. Pokud jsou zjištěny nesrovnalosti, musí být neprodleně nahlášeny celnímu úřadu. Systém evidence a kontroly přepravy zajišťuje, že nedochází k neoprávněnému úniku zboží na trh bez zdanění.
Pro provozovatele daňových skladů je klíčové správné vedení evidence přepravovaného zboží. Musí být schopni prokázat původ, množství a pohyb veškerého zboží v režimu podmíněného osvobození od daně. Evidence musí obsahovat údaje o datu zahájení přepravy, čísla průvodních dokladů, identifikaci přepravce a další relevantní informace.
V případě mezinárodní přepravy mezi daňovými sklady v různých členských státech EU platí obdobná pravidla, ale proces je komplexnější vzhledem k zapojení celních orgánů více států. Přeprava musí být zajištěna odpovídající jistinou, která kryje případné daňové riziko během přepravy. Výše jistiny se stanovuje podle hodnoty přepravovaného zboží a potenciální výše daně.
Nedodržení stanovených postupů při přepravě mezi daňovými sklady může vést k významným sankcím, včetně povinnosti uhradit daň, pokut nebo v krajním případě i ke zrušení povolení k provozování daňového skladu. Proto je essential, aby všichni účastníci přepravy důsledně dodržovali stanovené postupy a vedli přesnou evidenci.
Ukončení režimu daňového skladu
Režim daňového skladu může být ukončen několika způsoby, přičemž každý z nich má své specifické náležitosti a důsledky. Nejčastějším způsobem ukončení je propuštění zboží do volného daňového oběhu, kdy dochází k povinnosti přiznat a zaplatit daň. Provozovatel daňového skladu musí v takovém případě podat daňové přiznání a uhradit příslušnou daň ve stanovené lhůtě.
V případě, že se provozovatel daňového skladu rozhodne ukončit činnost dobrovolně, je povinen tuto skutečnost oznámit správci daně nejméně tři měsíce předem. Během této doby musí vypořádat veškeré své daňové povinnosti a zajistit, aby v okamžiku ukončení činnosti nebylo v daňovém skladu uskladněno žádné zboží podléhající režimu podmíněného osvobození od daně. Správce daně následně zruší povolení k provozování daňového skladu a provede závěrečnou kontrolu.
K ukončení režimu daňového skladu může dojít také z moci úřední, zejména pokud provozovatel porušuje své povinnosti vyplývající ze zákona o spotřebních daních. Mezi nejzávažnější porušení patří neoprávněná manipulace se zbožím, nedodržování podmínek zajištění daně nebo nepředkládání pravidelných hlášení správci daně. V takových případech může správce daně rozhodnout o okamžitém ukončení činnosti daňového skladu a nařídit mimořádnou inventarizaci.
Při ukončení režimu daňového skladu je nutné provést důkladnou inventarizaci veškerého uskladněného zboží. Provozovatel musí předložit správci daně kompletní dokumentaci včetně evidence o pohybu zboží, stavu zásob a provedených daňových odvodech. Zvláštní pozornost je třeba věnovat zboží, které bylo v režimu podmíněného osvobození od daně. U tohoto zboží musí být neprodleně uhrazena příslušná daň, pokud není převedeno do jiného daňového skladu nebo propuštěno do jiného celního režimu.
Proces ukončení režimu daňového skladu zahrnuje také vypořádání vztahů s obchodními partnery a zajištění převodu případných zbývajících zásob. Je nezbytné informovat všechny dotčené strany o ukončení činnosti a dohodnout alternativní řešení pro budoucí obchodní transakce. Provozovatel musí zajistit archivaci veškeré dokumentace po dobu deseti let od ukončení činnosti, aby bylo možné zpětně prokázat správnost daňových odvodů a plnění všech zákonných povinností.
V některých případech může být ukončení režimu daňového skladu spojeno s převodem práv a povinností na jiného provozovatele. Tento proces vyžaduje souhlas správce daně a splnění všech zákonných podmínek pro provozování daňového skladu novým subjektem. Převod musí být řádně zdokumentován a musí být zajištěna kontinuita evidence a daňových povinností.
Daňový sklad je jako trezor plný zlata, který čeká na správný čas, aby mohl vydat své bohatství do světa
Radovan Hromádka
Sankce za porušení předpisů
Porušení předpisů souvisejících s provozováním daňového skladu nebo skladu pro dočasné uskladnění zboží bez placení daně může mít závažné právní a finanční důsledky. Správce daně může v případě zjištění porušení předpisů uložit provozovateli skladu pokutu, která se může pohybovat v rozmezí od několika tisíc až po miliony korun, v závislosti na závažnosti porušení a míře zavinění.
Mezi nejčastější porušení předpisů patří zejména nedodržování evidenčních povinností, kdy provozovatel skladu nevede řádně záznamy o přijatém a vydaném zboží, nebo tyto záznamy vede nesprávně či neúplně. Správce daně v takovém případě může uložit pokutu až do výše 1 000 000 Kč. V případě opakovaného porušení evidenčních povinností může být pokuta ještě vyšší.
Velmi závažným porušením je neoprávněná manipulace se zbožím v režimu podmíněného osvobození od daně. Pokud provozovatel skladu umožní nakládání se zbožím osobám, které k tomu nejsou oprávněné, nebo pokud dojde k úniku zboží ze skladu bez řádného proclení a zdanění, může správce daně uložit pokutu až do výše 10 000 000 Kč. Současně může dojít k trestněprávní odpovědnosti odpovědných osob.
Dalším významným porušením je nedodržování technických a bezpečnostních požadavků na provoz skladu. Pokud kontrola zjistí, že sklad nesplňuje stanovené podmínky pro bezpečné skladování zboží nebo není zajištěna odpovídající ochrana proti krádežím a zneužití, může být provozovateli uložena pokuta až do výše 5 000 000 Kč. V krajním případě může dojít k okamžitému pozastavení činnosti skladu nebo dokonce k odnětí povolení k provozování daňového skladu.
Správce daně může také uložit sankce za pozdní podání daňového přiznání nebo hlášení souvisejících s provozem skladu. Tyto sankce se obvykle pohybují v řádu desetitisíců korun, ale mohou být i vyšší, zejména pokud je zpoždění dlouhodobé nebo opakované. Při zjištění úmyslného krácení daně nebo zatajování skutečností důležitých pro správné stanovení daně může být věc předána orgánům činným v trestním řízení.
V případě porušení celních předpisů při dovozu nebo vývozu zboží ze skladu mohou být uloženy další sankce ze strany celních orgánů. Tyto sankce mohou zahrnovat nejen pokuty, ale také propadnutí zboží nebo zákaz činnosti. Zvláště přísně jsou postihovány případy pašování zboží nebo falšování dokladů souvisejících s provozem skladu.
Provozovatel skladu je také odpovědný za škody způsobené třetím osobám v souvislosti s provozem skladu. Pokud dojde k poškození nebo zničení skladovaného zboží v důsledku nedodržení předepsaných podmínek skladování, může být provozovatel povinen nahradit vzniklou škodu v plné výši. Proto je důležité mít uzavřené odpovídající pojištění odpovědnosti za škodu.
